Après le crash de leur avion sur une île perdue, les survivants doivent apprendre à cohabiter et survivre dans cet environnement hostile. Bien vite, ils se rendent compte qu'une menace semble planer sur l'île...
Jack, Kate, et Sawyer sont retenus captifs par les Autres. Isolés les uns des autres et désemparés, ils cherchent à comprendre ce qu'il se passe. Où sont-ils ? Que leur veut-on ? L'homme mystérieux connu sous le nom de Henry Gale semble diriger la petite communauté. Juliet, l'une des habitantes de ce campement, établit le contact avec Jack. Mais celui-ci ne semble pas disposé à coopérer et répondre à ses questions...
Sur le bateau, la tension monte ! Sans nouvelles de Jack, Jin pense qu'il est temps de rentrer au campement. Mais Sayid ne l'entend pas ainsi. Sun décide alors de trancher en s'opposant à son époux... Kate et Sawyer sont forcés de travailler dans des conditions difficiles sous l'étroite surveillance des Autres...
Après la destruction du bunker, Locke est déboussolé. Sa foi s'est émoussée ces derniers temps et il ne sait que faire. Il décide de communiquer avec l'île pour trouver sa voie... Hurley retourne au campement pour délivrer le message : Jack, Kate et Sawyer sont retenus prisonniers par les Autres...
Sawyer et Kate tournent en rond dans leurs cages respectives. Las, ils comptent bien trouver un moyen de s'échapper. Des projets qui ne tombent pas dans l'oreille d'un sourd. Ben décide d'y remédier à sa façon... Une femme du campement a été grièvement blessée par balle et a besoin de soins médicaux...
Blessé et fièvreux, Eko, tourmenté par des hallucinations, éprouve le besoin de se rendre près de l'avion où son frère a péri. Locke organise une équipe pour partir à sa recherche. Une pierre deux coups car il compte surtout accéder à l'une des stations de l'initiative Dharma qui se trouve près de l'avion accidenté... Jack est persuadé que Ben est la personne atteinte d'une tumeur près de la colonne vertébrale...
Jack décide de ne pas opérer Ben et le laisser mourir. Kate, de son côté, craint que Pickett, toujours en colère que l'un des leurs ait tué son épouse, ne s'en prenne à Sawyer histoire d'être quitte... Locke préfère enterrer Mr Eko dans la jungle, pour éviter au reste du groupe la souffrance d'un nouvel enterrement...
En pleine opération, Jack menace de laisser mourir Ben si les Autres ne laissent pas Kate et Sawyer prendre la fuite. Il apprend avec stupeur qu'ils sont actuellement sur une autre île plus petite située à 3 kms de son île. Kate et Sawyer trouvent cependant une aide inattendue pour échapper à leurs poursuivants...
Locke et Sayid sont de retour au campement. Ils doivent annoncer aux autres rescapés la mort de Eko... Desmond fait preuve d'étonnantes facultés à prévenir le futur. Avec l'aide de Hurley, Charlie est déterminé à faire parler Desmond pour savoir ce qu'il lui est arrivé après avoir tourné la clé de sécurité dans le bunker...
Kate et Sawyer retournent vers leur île, laissant Jack entre les mains de leurs ravisseurs... Juliet va être jugée pour avoir abattu un des leurs. Jack fait la connaissance d'Isabel, chargée de s'assurer que la justice sera rendue comme il se doit...
Hurley déprime, il a besoin d'espoir. Le disparu pense avoir trouvé sa chance lorsqu'il trouve un vieux van de l'initiative Dharma abandonné dans la jungle. Il se met en tête de remettre le véhicule en état de marche... Kate et Sawyer sont de retour au campement. La jeune femme n'est cependant pas prête à laisser Jack derrière...
Kate, Sayid, Locke et Danielle Rousseau marchent depuis deux jours à travers la jungle pour voler au secours de Jack. Ils tombent sur une ancienne station transformée en ferme avec des animaux et équipée d'une antenne parabolique. Sayid tente d'établir le contact avec l'individu qui semble habiter les lieux... Au campement, Sawyer rechigne de ne plus avoir la main mise sur les fournitures. Il reproche aux autres rescapés d'avoir profité de son absence pour lui prendre tout ce qui lui appartenait...
En apercevant des oiseaux migrateurs, Claire a l'idée de les utiliser pour envoyer un message au monde extérieur. Elle ne comprend pas lorsque Desmond s'en mêle et tente de saboter son plan... Kate, Sayid, Locke et Danielle poursuivent leur chemin avec le prisonnier. Ils espèrent trouver le campement où est retenu prisonnier Jack...
Kate, Sawyer et Locke arrivent au camp des Autres. Il découvrent que Jack n'est pas en cellule. Il vit en toute liberté au sein de la communauté. Serait-il devenu un des leurs ? Kate n'y croit et veut savoir de quoi il en retourne. John, lui semble avoir d'autres projets en tête...
Nikki arrive de la jungle à bout de souffle. Elle s'écroule aussitôt... morte ! Sawyer, Hurley et les autres rescapés s'interrogent sur cette mort subite. La jeune femme n'a aucune blessure. Aurait-elle été empoisonnée ? Et par qui ? Le groupe part à la recherche de Paulo, son ami, dans l'espoir de trouver des explications...
Hurley prévient Sawyer que les autres disparus en ont assez de son comportement : il ne participe pas à la vie en communauté et est désagréable avec tout le monde. Ils s'apprêtent à voter pour son exil loin du campement. Hurley propose d'aider le jeune homme à se racheter... Locke annonce à Kate qu'il part avec les Autres. Ceux-ci désertent les lieux abandonnant Kate et Juliet dans la jungle où elles doivent survivre en se serrant les coudes...
Jack refuse d'abandonner Juliet seule en pleine jungle. En dépit des protestations de Sayid et Kate, il tient absolument à ramener la jeune femme au campement des disparus. Là-bas, Juliet sait qu'elle doit s'attendre à un accueil glacial... Sur la plage, Claire ne sent pas très bien. Charlie décide de s'occuper du petit pendant qu'elle se repose un peu...
Desmond a une série de flashs assez confus : quelqu'un va venir sur l'île ! Dans l'une de ses visions, il est dans la jungle avec Hurley, Jin et Charlie quand ce dernier est mortellement blessé. Desmond est tiraillé par sa conscience : doit-il sauver Charlie une fois de plus, ou laisser les choses arriver pour ne rien changer au cours des événements jusqu'à l'arrivée de la personne espérée...
La jeune femme échouée sur l'île est grièvement blessée. Elle parle une langue étrangère que Charlie, Hurley, Jin et Desmond ne comprennent pas... Sun s'inquiète lorsque Jack vient lui poser quelques questions indiscrètes sur le déroulement de sa grossesse. Après son séjour chez les Autres, elle le soupçonne d'en vouloir à son bébé...
Hurley, Charlie, Jin et Desmond cachent Naomi dans le camp. Ils ne veulent pas prévenir Jack car ils n'ont plus confiance en lui depuis qu'il a passé un séjour chez les Autres et ramené l'un d'eux au sein de leur petite communauté... Locke demande à Sawyer de lui rendre un service...
Locke réclame des explications à Ben : le temps est venu d'avoir des réponses ! Et celui-ci est déterminé à obtenir ce qu'il est venu chercher... Sawyer retourne au campement avec l'enregistrement de Juliet. La jeune femme espionne pour le compte de Ben, à la recherche de femmes enceintes...
La tension monte au campement ! Les disparus se préparent à l'arrivée imminente des Autres, cherchant les femmes enceintes indiquées par Juliet... Desmond a eu une autre vision de Charlie : il explique au jeune homme que cette fois-ci il doit mourir afin que les secours puissent venir sur l'île...
Alors que Sayid, Bernard et Jin restent au campement pour tendre un piège aux Autres, les disparus suivent Jack jusqu'à la tour radio pour contacter les secours... Charlie est parvenu à la station Miroir où il doit neutraliser le système de brouillage. Mais il est retenu captif par deux femmes qui gardent les lieux. Ben est aussitôt averti que Juliet les a trahi...
Ben tente d'intercepter Jack pour le dissuader de contacter l'extérieur... Accompagné de Juliet, Sawyer retourne au campement pour sauver ses amis retenus prisonniers par les Autres... Mikhail a pour ordre d'exécuter Charlie, Bonnie et Greta pour s'assurer que personne ne puisse neutraliser le système de brouillage de la station...
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