En 1943, un résistant, Fontaine (François Leterrier), est arrêté par les Allemands et emprisonné à la prison Montluc à Lyon. Il met tout en œuvre pour s'évader, imagine un plan, et parvient à force de courage et de travail à s'en procurer les instruments.
Quand le général Krantz, ancien chef de l'organisation défaite appelée Le Cartel est en prison avec T-Bag, et apprend que Sara Tancredi se retrouve derrière les barreaux, elle-aussi, pour meurtre, il saute sur l'occasion et projette de la tuer. Emprisonnée, elle est enceinte, et inquiète pour son bébé… Michael Scofield tentera de sauver Sara dans cette ultime trame qui conclut la série. Pour ce faire, il se fait aider par ses anciens complices et amis : Lincoln Burrows, Fernando Sucre et Alexander Mahone.
Après la saison 3, avant la saison 4
Frank Lee Morris est devenu un spécialiste des tentatives d'évasion. Pour le calmer définitivement, on le transfère à la célèbre prison d'Alcatraz. À peine arrivé sur le rocher, Frank gamberge déjà.
Le Capitaine Ramsey et ses 250 hommes, prisonniers anglais, se retrouvent au Stalag Luth North. Et bien que le colonel von Lugaer de la Luftwaffe, directeur du camp, a affirmé qu'il est impossible de s'échapper, Ramsey considère qu'il est de son devoir de faire une tentative.
Dix ans après le meurtre de sa femme et sa fille, un homme se dresse contre le procureur en charge du procès des meurtriers, pour obtenir lui-même la justice. Sa vengeance menace tout aussi bien l'homme qui leur a accordé la clémence, que le système et la ville elle-même.
Un homme qui vient tout juste d'obtenir sa libération de prison se voit forcé par les leaders de son organisation criminelle d'orchestrer un crime violent visant un groupe rival dans les rues de la Californie.
Un détective rivalise d'intelligence avec un voleur déjouant constamment les policiers, et les choses deviennent incontrôlables à l'arrivée d'une négociatrice téméraire.
Le père Lankester Merrin, traumatisé par les horreurs de la Seconde Guerre mondiale, a perdu la foi. Se retrouvant face au démon Pazuzu en Afrique, il devra se battre pour sauvegarder ses croyances.
S'il a toujours été un fidèle serviteur de son pays, le colonel Stauffenberg s'inquiète de voir Hitler précipiter l'Allemagne et l'Europe dans le chaos. Comprenant que le temps presse, il décide de passer à l'offensive : en 1942, il tente de convaincre plusieurs officiers supérieurs de la nécessité de renverser Hitler. Un an plus tard, tandis qu'il se remet de ses blessures de guerre, il rejoint la Résistance allemande pour mettre au point l'Opération Walkyrie destinée à éliminer le Führer. Alors qu'il n'était au départ qu'un des nombreux conspirateurs, Claus von Stauffenberg se retrouve bientôt en première ligne : c'est lui qui devra assassiner Hitler...
Sur la côte adriatique, un petit bateau de pêche repère le corps inanimé d'un homme ballotté par les flots. Des marins s'empressent de le repêcher. Portant des traces de balles dans le dos, cet homme à l'identité inconnue a miraculeusement survécu, mais il ne se souvient plus de rien. Même pas de son nom. Et encore moins des raisons pour lesquelles on a tenté de le tuer.Toutefois, un indice subsiste : de sa hanche est extraite une petite capsule holographique indiquant un numéro de compte à Zurich. L'inconnu se rend alors dans une banque suisse afin de faire la lumière sur son identité. Une fois sur place, il découvre dans un coffre-fort une malette contenant plusieurs milliers de dollars, un pistolet, un passeport au nom de Jason Bourne et six autres documents d'identité de diverses nationalités. Ce dernier s'aperçoit bientôt qu'il est suivi à la trace par une mystérieuse organisation.