La vie s’écoule paisiblement à Yolcos, belle et prospère ville portuaire de la Grèce antique, lorsque la population est menacée par la colère de Poséidon. Une jeune souris aventurière et le chat qui l’a adoptée vont alors aider à son insu le vieux Jason et ses Argonautes dans leur quête pour sauver la cité. Mais bien plus qu’un coup de main, l’opération les amènera finalement à affronter les créatures mythiques les plus dangereuses de la mythologie et à surmonter tous les dangers à leur place.
Rémy est un jeune rat qui rêve de devenir un grand chef français. Ni l'opposition de sa famille, ni le fait d'être un rongeur dans une profession qui les déteste ne le démotivent. Rémy est prêt à tout pour vivre sa passion de la cuisine... et le fait d'habiter dans les égouts du restaurant ultra coté de la star des fourneaux, Auguste Gusteau, va lui en donner l'occasion ! Malgré le danger et les pièges, la tentation est grande de s'aventurer dans cet univers interdit.Ecartelé entre son rêve et sa condition, Rémy va découvrir le vrai sens de l'aventure, de l'amitié, de la famille... et comprendre qu'il doit trouver le courage d'être ce qu'il est : un rat qui veut être un grand chef...
Snowbell le chat n'en croit pas ses vibrisses. Le nouveau venu dans la famille Little n'est rien moins que Stuart, une souris. Le petit animal trouve bientôt sa place entre les jouets de George, le jeune fils, et les dangers de la maison. Pourtant, malgré sa gentillesse, Stuart n'arrive pas a séduire définitivement George qui a du mal à admettre qu'une souris puisse être son frère jusqu'au jour où Stuart a l'occasion de prouver sa bravoure. C'est alors au tour de Snowbell de sombrer dans la jalousie. Le félin complote alors dans l'ombre pour se débarrasser du souriceau.
Petit Stuart, la petite souris, éprouve l'envie de voyager et de s'aventurer dans de nouvelles contrées. Mais sa mère adoptive, Eleanor, n'est pas de cet avis. George, qui est comme un frère pour Stuart, le comprend très bien, mais il ne peut aller à l'encontre de la décision de maman.Un jour, alors qu'il conduit sa voiture miniature, Stuart fait la rencontre de Margalo, une jolie femelle canari poursuivie par un faucon. Stuart se charge de le semer. Commence alors une grande histoire d'amour entre la souris et l'oiseau. Stuart a enfin trouvé quelqu'un à qui se confier véritablement et qui comprend son besoin d'aventure.Mais le faucon jaloux va venir perturber leur idylle en enlevant Margalo. Accompagné du chat Snowbell, Stuart entreprend de retrouver et de secourir sa nouvelle compagne.
Après un voyage mouvemente, Fievel et les siens arrivent enfin dans le Nouveau Monde. Mais contrairement à leurs rêves les trottoirs de New York ne sont pas en gruyère et les chats de l'Ouest sont tout aussi redoutables que ceux de l'Est. Qu'a cela ne tienne, les Souriskewitz partent a la conquête de l'Ouest.
En Russie, en 1885, les souris sont de plus en plus menacées par les chats. Fievel et sa famille décident alors d'émigrer aux États-Unis où on dit que les rues sont pavées de fromage et qu'il n'y a aucun chat. Après de multiples aventures, Fievel arrive dans la grande métropole et découvre que la vérité est toute autre.
Dans le monde conventionnel des ours, il est mal vu de se lier d’amitié avec une souris. Et pourtant, Ernest, gros ours marginal, clown et musicien, va accueillir chez lui la petite Célestine, une orpheline qui a fui le monde souterrain des rongeurs. Ces deux solitaires vont se soutenir et se réconforter, et bousculer ainsi l’ordre établi.
Mickey, Minnie et leurs amis Horace et Clarabelle font une plaisante promenade musicale en calèche lorsque Pat Hibulaire s'invite à la fête et tente de les sortir de la route.
Dans la Grèce antique, alors que la fête bat son plein et que les fées se penchent sur le berceau d'Hercule, fils de Zeus, Hades, seigneur des enfers, ronge son frein. En consultant les Moires, il apprend que les planètes lui seront favorables dans dix-huit ans. Pour gouverner l'Olympe, il lui suffira de libérer les Titans, jadis emprisonnés par Zeus, après avoir éliminé le seul dieu capable de le tenir en échec: Hercule
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