Dans l’immensité de l’océan Indien, de nombreux atolls, peu connus de l’homme, recèlent des trésors secrets, à commencer par l’incroyable biodiversité de leurs fonds marins. Au départ du Cap, en Afrique du Sud, le navire Agulhas II se lance dans une expédition scientifique de six semaines pour explorer ces régions isolées avec, à son bord, des dizaines de biologistes et océanographes du monde entier, déterminés à mieux comprendre les conséquences de la pollution et du réchauffement climatique sur ces écosystèmes fragiles. Sur l’atoll d’Aldabra, au nord de Madagascar, l’équipe étudie les tortues géantes ainsi que des espèces de coraux rares nichés au cœur des récifs. Plus à l’est, le banc de Saya de Malha fait le bonheur des zoologues et taxonomistes : à l’aide de robots aquatiques, ils explorent une prairie sous-marine à 400 mètres de profondeur pour découvrir des êtres vivants jamais observés auparavant.