Deux ans après s'être résolus à fermer la Mystère & Cie, le super-chien Scooby-Doo et ses amis Fred, Daphné, Sammy et Véra se retrouvent sur Spooky Island. Les cinq limiers au flair inimitable ont été appelés sur place après une cascade d'incidents paranormaux dans l'immense parc d'attractions de Spring Break.L'excentrique Emile Mondavarious, le maître de l'île, craint que le site ne soit réellement hanté, et compte sur la joyeuse bande pour résoudre au plus vite ces troublantes énigmes et mettre un terme à la fuite de sa richissime clientèle.Oubliant leurs petits désaccords, les cinq acceptent avec enthousiasme cette périlleuse mission. Faux esprits, monstres bidons, effets spéciaux... Scooby-Doo et ses copains croyaient avoir tout vu. Mais à Spooky Island, ils ne sont pas au bout de leurs surprises.
C'est l'histoire de Lexi (Lindsay), une ado de 14 ans "privilégiée" par la vie. La jeune fille qui a passé la moitié de son temps parmi les riches à Manhattan, toujours en Prada, se vante de sa capacité à toujours trouver le "scoop" et de le servir dans la colonne "rumeurs" du journal de l'école. Quand un article de Lexie est publié dans le journal (un article sur la relation qu'entretiennent deux de ses professeurs), c'est le début de choses étranges. Lorsque l'un de leur professeur disparaît, Lexie et ses amis (Jack, Jen, Gabe) commencent à mener l'enquête.
Célibataire endurci, Don Johnston vient d'être quitté par Sherry, sa dernière conquête. Alors qu'il se résigne une nouvelle fois à vivre seul, il reçoit une lettre anonyme dans laquelle une des anciennes petites amies lui apprend qu'il est le père d'un enfant de 19 ans, et que celui-ci est peut-être parti à sa recherche. Sous les conseils de son meilleur ami Winston, détective amateur, il décide de mener l'enquête afin d'éclaircir ce mystère. Malgré son tempérament casanier, le sédentaire Don se lance alors dans un long périple, au cours duquel il retrouve quatre de ses anciennes amours. A travers ces visites-surprises, Don se retrouve confronté à son passé, et, du même coup, à son présent.
Quand Reggie, un border terrier naïf à l’inaltérable optimisme, est abandonné dans la rue par son propriétaire Doug, un individu de très basse envergure, il est tout d’abord persuadé que c’est un accident et que son maître adoré ne l’aurait jamais laissé intentionnellement.
Et voici que Babe, l'unique representant de la race porcine a savoir conduire un troupeau de moutons, precipite par maladresse le brave M. Hoggett au fond du puits. Le malheureux est desormais immobilise et Mme Hoggett se depense sans compter pour soigner son epoux et assurer la marche de la maison. Malgre ses soins, la ferme periclite et la banque la menace d'une saisie. La paysanne decide alors d'engager Babe dans une nouvelle competition qui leur rapportera l'argent indispensable. Rassemblant tout leur courage, Babe et sa maitresse partent par la ville.
Dora habite au coeur de la jungle avec ses parents, qui, jusque là, lui ont fait l'école à la maison. Un jour, ces derniers décident de partir en expédition et d'envoyer Dora en ville pour qu'elle socialise avec d'autres jeunes de son âge. L'adaptation n'est pas facile pour l'adolescente, qui a un singe pour meilleur ami. Un jour, lors d'une visite au musée, Dora et trois de ses camarades de classe, dont son cousin Diego, seront parachutés dans une aventure en pleine savane afin de retrouver les parents de Dora, qui manquent à l'appel.
Coolsville n'est plus cool du tout... Un mystérieux scélérat masqué prend un malin plaisir à terroriser ses habitants. Il prend l'apparence de monstres et de fantômes que Scooby-Doo et sa bande ont déjà mis sous les verrous. Sous la pression de la presse et de la population locale, le célèbre chien et ses amis se lancent dans une enquête pour découvrir qui se cache derrière ces étranges apparitions.
John Brown, vigile aux laboratoires Bradford, rêve de devenir un grand détective pour séduire celle qu'il aime en secret, Brenda Bradford. L'occasion se présente quand, alors que le professeur et sa fille mettent au point leur programme top secret de cyber-policier, le méchant Sanford Scolex organise un cambriolage du laboratoire. Au cours de cette effraction particulièrement violente, le professeur est tué tandis que John Brown fait preuve d'héroïsme. Pour le récompenser, Brenda décide de lui appliquer son programme scientifique.
Le célèbre inspecteur se retrouve face à une nouvelle "Inspectrice Gadget", version féminine et concurrente du policier bionique et gaffeur. Tous deux doivent empêcher Claw de s'emparer d'un laser aux pouvoirs terribles...