Un tueur en série avec un cœur... Priez juste que ce ne soit pas le vôtre.
Brillant expert scientifique du service médico-légal de la police de Miami, Dexter Morgan est spécialisé dans l'analyse de prélèvements sanguins. Mais Dexter cache un terrible secret : c'est également un tueur en série ! Un serial killer pas comme les autres, avec sa propre vision de la justice, qui, grâce au code fourni par son père adoptif, ne s'en prend qu' à des victimes coupables de meurtres affreux ou de délits répréhensibles. Mais Dexter n'attend pas que la justice les libère ou les relâche faute de preuves, il les assassine avant même que la police ne remonte jusqu'à eux. Sa soeur Debra travaille dans le même commissariat et n'a de cesse que de traquer tous les meurtriers quelqu'ils soient... sans savoir qu'elle en fréquente un tous les jours !
Avec son nouveau statut de père de famille, Dexter ne dort plus. Ce qui lui pose des problèmes, autant dans sa vie professionnelle que dans sa vie de tueur. D'autant plus que The Trinity Killer, un meurtrier aussi méticuleux que lui, frappe désormais Miami...
A la suite de son accident de voiture, Dexter souffre d'une légère amnésie et ne parvient plus à se souvenir de l'endroit où il a caché le corps de Benny Gomez. Debra, quant à elle, est quelque peu déboussolée par le retour imprévu de Franck Lundy.
Dexter semble avoir du mal à s'habituer à sa nouvelle vie de famille. En effet, après avoir parlé au docteur, Rita lui interdit de prendre la voiture seul et le conduit partout, le privant encore d'avantage de liberté.Pour ne rien arranger, une série de vandalismes dans leur quartier contraint l'ensemble du voisinage à organiser des rondes de nuit. Les ballades nocturnes de Dexter étant ainsi impossibles, il décide de prendre les choses en main.
Dexter profite des quelques jours d'absence de Rita et des enfants pour étudier, à sa manière, le dossier d'une policière ayant assistée aux meurtres de son mari et de sa fille. Debra, quant à elle, est tiraillée par ses sentiments envers Frank Lundy.
Dexter profite de la mort de Frank Lundy pour récupérer tous les document que possédait ce dernier sur l' enquête du Trinity. Il espère ainsi le retrouver. Rita, quant à elle, découvre que Dexter a gardé son ancien appartement. Furieuse, elle lui demande des explications sur ses mensonges.
Dexter commence à faire connaissance avec Arthur Mitchell, sa nouvelle proie. Il essaie de comprendre comment il gère sa vie de tueur et sa vie de famille ; car se son côté, Rita a de moins en moins confiance en lui et souhaite voir un psy de couple afin que Dexter se confie et s'ouvre à elle.
Dexter tente inlassablement de trouver le juste équilibre entre vie de famille, travail et activités nocturnes. Pour cela il sollicite les conseils d'Arthur qui semble si bien concilier ces différents aspects. Afin d'avoir un peu de temps libre il se met en quête d'activités pour Cody et Astor, mais cela ne fait que l'occuper un peu plus. La police découvre le bras d'un jeune mannequin du Guatemala dans le corps d'un alligator et remonte la piste jusqu'à un célèbre photographe, Jonathan Farrow. Dexter se met en tête de l'éliminer, ayant trouvé des preuves de sa culpabilité, mais sa tâche sera freinée par les filatures de Quinn. Pendant ce temps, Debra, de retour au travail, se concentre sur deux dossiers : la recherche de l'identité de Trinité et l'enquête sur le passé de son père. Ses recherches inquiètent Dexter, qui craint fortement qu'elle finisse par découvrir la vérité sur ces deux affaires.
Dexter, troublé par son infraction au code d'Harry, tente d'oublier son erreur en se concentrant sur le meurtre d'Arthur. Lorsque ce dernier annonce son départ pour quelques jours à Tampa, Dexter n'hésite pas une seconde et décide de l'accompagner. Debra, elle, fait une découverte quant au meurtre de Frank Lundy, remettant en question toute l'enquête.
En s'immisçant encore d'avantage dans l'intimité d'Arthur, Dexter découvre petit à petit toute la pression que celui-ci exerce sur sa famille et l'enfer qu'il leur fait vivre. Il décide donc, pour Thanksgiving, de partager son temps entre sa famille et celle d'Arthur.
Dexter, après ses rencontres avec Arthur et sa famille, pense tout savoir du Tueur de la Trinité. Mais lorsqu'un enfant de 10 ans disparaît, cela remet en cause toutes ses théories. Le Tueur de la Trinité ne s'arrêterait donc pas à trois crimes, comme le supposait l'agent Frank Lundy. Une course contre la montre débute. Les secrets se multiplient. Vince Masuka n'arrive pas à confesser à Dexter la scène dont il a été témoin le jour de Thanksgiving. Cody, le fils de Rita, est obligé de couvrir Dexter pour éviter qu'un de ses mensonges ne soit révélé. Quant à Debra, ses découvertes récentes la forcent à prendre une décision difficile...
Christine est interrogée par la police sur ses liens avec Trinité. Refusant de parler, elle est finalement relâchée et se tourne vers son père, Arthur, qui la rejette. Elle demande à voir Debra pour se confesser, tandis que Dexter s'emploie à fabriquer de fausses preuves pointant un autre suspect afin d'avoir le champ libre et d'éliminer lui-même Arthur. Ce dernier traque tous les "Kyle Butler" de la ville avant de comprendre qu'il ne s'agit que d'un pseudonyme. Il remonte la piste jusqu'au Miami Metro où il découvre la véritable identité de Dexter.
Dexter poursuit Arthur à travers la ville. Il doit se débarrasser de lui avant que la police le trouve et, surtout, avant qu'il s'en prenne à sa famille. Pendant ce temps, Debra fait de troublantes découvertes sur le passé de son père qui la mènent à la véritable identité des parents de son frère. La police comprend le mode opératoire du tueur, à savoir un cycle de quatre victimes, et identifie Arthur Mitchell comme étant Trinité. Mais il est déjà loin lorsque sa maison est perquisitionnée. Dexter le retrouve, ayant enfin l'occasion d'accomplir sa tâche : l'éliminer. Il est bien décidé à faire mieux qu'Arthur, c'est-à-dire protéger sa famille et son secret, mais cette volonté ne suffit pas face au destin
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