On a tropical island vacation, a young boy's friendship with a playful and friendly dolphin helps him find the courage to get back in the water after the sudden loss of his mother.
Sandy, laissé malgré lui en pension à son oncle Porter, en Floride, ne s'entend pas avec ce vieux loup de mer au parler rude qui vit chichement et partage une cabane avec son pélican. Mais peu à peu l'ambiance se détend et Sandy reçoit bientôt la visite surprise d'un dauphin qu'il baptise Flipper... Par vengeance, un louche affairiste qui voue une haine tenace à Porter l'oblige à faire reconduire le dauphin en pleine mer. L'animal, intoxiqué par de la dioxine déversée d'un bateau, réhabilité, devient avec ses amis, détective...
Kevin et Holly sont ravis que Bernie soit revenu, tout comme Winston qui désire kidnapper le talentueux dauphin. Les enfants doivent sauver leur ami marin avant qu'il ne soit trop tard.
Un frère et une soeur découvrent sur la plage un dauphin brûlé par le soleil et décident de le soigner. Mais les deux enfans prennent connaissace d'un terrible plan qui pourrait détruire la plage et la maison de leur nouvel ami. Ils vont devoir empêcher ce terrible plan d'être mis à exécution.