Après le crash de leur avion sur une île perdue, les survivants doivent apprendre à cohabiter et survivre dans cet environnement hostile. Bien vite, ils se rendent compte qu'une menace semble planer sur l'île...
La trappe, finalement ouverte, donne sur une sorte du tunnel qui descend jusqu'à une quizaine de mètres au moins sous la terre. Tandis que Locke est partisan de tout faire pour explorer les lieux, Jack veut retourner au camp. La menace des autres pèse toujours, et la protection des disparus passent avant tout... Aux grottes, la pression monte. Shannon, qui a perdu le chien que Walt lui avait confié, part à sa recherche...