Après le crash de leur avion sur une île perdue, les survivants doivent apprendre à cohabiter et survivre dans cet environnement hostile. Bien vite, ils se rendent compte qu'une menace semble planer sur l'île...
Le 41e jour, Boone est en soins intensifs dans la grotte, Claire est surprise par son accouchement dans la jungle, et c’est Charlie qui doit s’en occuper. La 41e nuit, la jambe de Boone est perdue, et il souffre également d'une hémorragie interne ; Jack se décide à amputer mais Boone préfère l’autre alternative : il ne veut pas souffrir inutilement alors qu'il sait qu'il est fichu. Kate aide Claire à accoucher.
Résumé du flashback
Jack se marie avec sa femme, Sarah.