La science est logique, ce n'est pas le cas de la famille.
Rick est un scientifique âgé et déséquilibré qui a récemment renoué avec sa famille. Il passe le plus clair de son temps à entraîner son petit-fils Morty dans des aventures extraordinaires et dangereuses, à travers l'espace et dans des univers parallèles. Ajoutés à la vie de famille déjà instable de Morty, ces événements n'amènent qu'un surcroît de stress pour Morty, à la maison et au collège.
A Noël, Rick expédie Morty à l'intérieur du corps d'un sans-abri avec pour mission de lui sauver la vie. Morty y découvre un foyer de diverses maladies. Il doit empêcher les virus de s'échapper de l'organisme. Après cette aventure, il tombe sur les parents de Jerry venus rendre visite à leur fils en compagnie d'un illustre inconnu…