Michael Scofield s'engage dans une véritable lutte contre la montre : son frère Lincoln est dans le couloir de la mort, en attente de son exécution. Persuadé de son innocence mais à court de solutions, Michael décide de se faire incarcérer à son tour dans le pénitencier d'état de Fox River pour organiser leur évasion...
À Sona, un nouveau maton place Michael à l'isolement, avant de lui redonner espoir. Par la suite, Mahone et T-Bag se joignent aux détenus candidats à l'évasion.