Michael Scofield s'engage dans une véritable lutte contre la montre : son frère Lincoln est dans le couloir de la mort, en attente de son exécution. Persuadé de son innocence mais à court de solutions, Michael décide de se faire incarcérer à son tour dans le pénitencier d'état de Fox River pour organiser leur évasion...
Bellick capture Michael et son équipe, mais ce n'est pas la récompense de la police qui l'intéresse. Quant à T-Bag, il échappe de justesse aux flics dans le Nebraska.