Deux agents du FBI sont chargés d'enquêter sur les dossiers non résolus, appelés "X-files" la plupart du temps des affaires où le paranormal entre en jeu. L'agent Fox Mulder, malgré le scepticisme de sa co-équipière Dana Scully, tente de prouver sa thèse du complot gouvernement/extra-terrestres... Fox Mulder n'aura de cesse de rechercher sa soeur disparue des années auparavant lorsqu'il avait 12 ans.
Des inscriptions identiques à celles qu'avaient découvertes autrefois Mulder et Scully dans un vaisseau spatial en Afrique, sont retrouvées près du corps inconscient d'un motard. Poursuivi par des policiers pour avoir illégalement traversé la frontière entre le Dakota et le Canada, il a terminé sa course dans un ravin. Le FBI enquête, sans en informer le service des affaires non classées...