Deux agents du FBI sont chargés d'enquêter sur les dossiers non résolus, appelés "X-files" la plupart du temps des affaires où le paranormal entre en jeu. L'agent Fox Mulder, malgré le scepticisme de sa co-équipière Dana Scully, tente de prouver sa thèse du complot gouvernement/extra-terrestres... Fox Mulder n'aura de cesse de rechercher sa soeur disparue des années auparavant lorsqu'il avait 12 ans.
L'agent Reyes explique à Doggett et Scully les détails du meurtre de Victor Dale qui a été retrouvé... sans peau ! Une mutilation qui fut réalisée alors qu'il était encore vivant ! Le défunt avait eu des visions de sa mort, et de celles d'autres personnes pareillement dépouillées. Scully accepte d'aider Reyes, bien qu'elle estime que cette investigation ne relève pas des dossiers «non classés». En enquêtant, Dana découvre un lien avec une autre affaire, qui date des années 60...