Deux agents du FBI sont chargés d'enquêter sur les dossiers non résolus, appelés "X-files" la plupart du temps des affaires où le paranormal entre en jeu. L'agent Fox Mulder, malgré le scepticisme de sa co-équipière Dana Scully, tente de prouver sa thèse du complot gouvernement/extra-terrestres... Fox Mulder n'aura de cesse de rechercher sa soeur disparue des années auparavant lorsqu'il avait 12 ans.
Mulder et Scully enquêtent sur des profanations de tombes et des exhumations de corps somme toutes banales dans l'état de Floride. Cependant, le profanateur pourrait bien être un des membres du groupe Millennium connu pour sa pratique religieuse et ésotérique et qui aurait le pouvoir de transformer tout homme en zombie.Aidés par un ancien membre,il tentent d'élucider cette singulière affaire...