Deux agents du FBI sont chargés d'enquêter sur les dossiers non résolus, appelés "X-files" la plupart du temps des affaires où le paranormal entre en jeu. L'agent Fox Mulder, malgré le scepticisme de sa co-équipière Dana Scully, tente de prouver sa thèse du complot gouvernement/extra-terrestres... Fox Mulder n'aura de cesse de rechercher sa soeur disparue des années auparavant lorsqu'il avait 12 ans.
Mulder se rend au Triangle des Bermudes lorsqu'il apprend que le Queen Anne, un luxueux navire anglais disparu pendant la seconde guerre, est réapparu au large de la mer des Sargasses. Mais, sur place, son bateau a coulé et des marins repêchent son corps inanimé. Après avoir repris ses esprits et des forces, Mulder découvre qu'il a voyagé dans le temps pour se retrouver à l'aube de la seconde guerre mondiale...