Deux agents du FBI sont chargés d'enquêter sur les dossiers non résolus, appelés "X-files" la plupart du temps des affaires où le paranormal entre en jeu. L'agent Fox Mulder, malgré le scepticisme de sa co-équipière Dana Scully, tente de prouver sa thèse du complot gouvernement/extra-terrestres... Fox Mulder n'aura de cesse de rechercher sa soeur disparue des années auparavant lorsqu'il avait 12 ans.
Une violente tornade s'approche d'un pénitencier du Mississippi. Coupable d'avoir agressé l'un de ses camarades de détention, Pinker Rawls est conduit de force au «mitard», une cabane de bois construite au milieu de la cour. La tornade détruit tout sur son passage. Le «mitard» vole en éclats. Rawls est déclaré mort bien que les gardiens ne parviennent pas à retrouver son corps. Le responsable de la prison, lui non plus, n'a pas survécu aux éléments déchaînés. Le malheureux a été coupé en deux par un mystérieux agresseur...