Deux agents du FBI sont chargés d'enquêter sur les dossiers non résolus, appelés "X-files" la plupart du temps des affaires où le paranormal entre en jeu. L'agent Fox Mulder, malgré le scepticisme de sa co-équipière Dana Scully, tente de prouver sa thèse du complot gouvernement/extra-terrestres... Fox Mulder n'aura de cesse de rechercher sa soeur disparue des années auparavant lorsqu'il avait 12 ans.
Los Angeles. Deux marins d'un cargo chinois en provenance de Hong Kong, le Tien Kou, sont retrouvés morts dans la soute. Selon la police, les deux victimes auraient tenté d'ouvrir un conteneur renfermant un animal particulièrement dangereux. Le propriétaire du contenu, un certain Detweiler, semble beaucoup plus affecté par la disparition de son animal qui a été répertorié comme un chien au départ de Hong Kong, que par le décès des deux Chinois...