Deux agents du FBI sont chargés d'enquêter sur les dossiers non résolus, appelés "X-files" la plupart du temps des affaires où le paranormal entre en jeu. L'agent Fox Mulder, malgré le scepticisme de sa co-équipière Dana Scully, tente de prouver sa thèse du complot gouvernement/extra-terrestres... Fox Mulder n'aura de cesse de rechercher sa soeur disparue des années auparavant lorsqu'il avait 12 ans.
Arthur Dales, retraité du FBI, convainc Scully et Mulder de le rejoindre en Floride. Tandis qu'un ouragan menace la région, le vieil homme prétend qu'un animal sorti des profondeurs marines aurait déjà massacré une famille entière, les Shipley. Les deux agents se rendent dans la maison des victimes supposées. L'endroit est effectivement désert. Excédée par les «délires» de son partenaire, Scully veut prendre le premier avion pour Washington. Mais l'ouragan en décide autrement...