Deux agents du FBI sont chargés d'enquêter sur les dossiers non résolus, appelés "X-files" la plupart du temps des affaires où le paranormal entre en jeu. L'agent Fox Mulder, malgré le scepticisme de sa co-équipière Dana Scully, tente de prouver sa thèse du complot gouvernement/extra-terrestres... Fox Mulder n'aura de cesse de rechercher sa soeur disparue des années auparavant lorsqu'il avait 12 ans.
Au Kazakhstan, dans l'ex-Union Soviétique, deux adolescents voient passer un Ovni. Ils rebroussent chemin pour donner l'alerte. A quelques centaines de mètres de là, ils découvrent le chaos : une terrible explosion vient d'avoir lieu. L'un des jeunes témoins, Dmitri, est capturé par des soldats russes...