Deux agents du FBI sont chargés d'enquêter sur les dossiers non résolus, appelés "X-files" la plupart du temps des affaires où le paranormal entre en jeu. L'agent Fox Mulder, malgré le scepticisme de sa co-équipière Dana Scully, tente de prouver sa thèse du complot gouvernement/extra-terrestres... Fox Mulder n'aura de cesse de rechercher sa soeur disparue des années auparavant lorsqu'il avait 12 ans.
Un groupe d'agents du FBI, parmi lesquels se trouvent Mulder et Scully, prend d'assaut les locaux d'une secte religieuse. Leur chef n'est néanmoins pas retrouvé et Mulder, mu par une force incontrôlable, se dirige vers un ancien bunker de la guerre de sécession. Il y découvre alors Ephesian, le leader de la secte, entouré de six jeunes femmes prêtes à avaler un poison mortel. En interrogeant sous hypnose une des membres du groupe, Mulder se rend compte qu'ils se sont connus dans une vie antérieure...