Deux agents du FBI sont chargés d'enquêter sur les dossiers non résolus, appelés "X-files" la plupart du temps des affaires où le paranormal entre en jeu. L'agent Fox Mulder, malgré le scepticisme de sa co-équipière Dana Scully, tente de prouver sa thèse du complot gouvernement/extra-terrestres... Fox Mulder n'aura de cesse de rechercher sa soeur disparue des années auparavant lorsqu'il avait 12 ans.
La découverte du cadavre d'un nouveau-né affligé d'épouvantables malformations mène Mulder et Scully dans une petite ville en Pennsylvanie où tous les habitants se considèrent comme une grande famille. Ils y font la connaissance du clan Peacock, issue d'une lignée complètement dégénérée à cause des années de consanguinité...