Deux agents du FBI sont chargés d'enquêter sur les dossiers non résolus, appelés "X-files" la plupart du temps des affaires où le paranormal entre en jeu. L'agent Fox Mulder, malgré le scepticisme de sa co-équipière Dana Scully, tente de prouver sa thèse du complot gouvernement/extra-terrestres... Fox Mulder n'aura de cesse de rechercher sa soeur disparue des années auparavant lorsqu'il avait 12 ans.
Un rare alignement des planètes prévu par une astrologue pourrait être la cause d'étranges comportements. Après plusieurs morts suspectes de lycéens à Comity, Mulder et Scully interrogent deux jeunes étudiantes, qui ont assisté au décès anormal de deux de leurs camarades et dont les capacités de télékinésies semblent avoir un lien avec l'affaire...