Deux agents du FBI sont chargés d'enquêter sur les dossiers non résolus, appelés "X-files" la plupart du temps des affaires où le paranormal entre en jeu. L'agent Fox Mulder, malgré le scepticisme de sa co-équipière Dana Scully, tente de prouver sa thèse du complot gouvernement/extra-terrestres... Fox Mulder n'aura de cesse de rechercher sa soeur disparue des années auparavant lorsqu'il avait 12 ans.
Le révérend Finley, un homme d'église qui feignait de recevoir les stigmates devant sa paroisse est assassiné. Afin de protéger un jeune étudiant, Kevin Kryder, qui présente les mêmes symptômes, Mulder s'entretient avec son père, interné pour avoir proclamé que le garçon était le fils de Dieu. Celui-ci lui annonce que la mort de son fils pourrait entraîner la fin du monde...