Deux agents du FBI sont chargés d'enquêter sur les dossiers non résolus, appelés "X-files" la plupart du temps des affaires où le paranormal entre en jeu. L'agent Fox Mulder, malgré le scepticisme de sa co-équipière Dana Scully, tente de prouver sa thèse du complot gouvernement/extra-terrestres... Fox Mulder n'aura de cesse de rechercher sa soeur disparue des années auparavant lorsqu'il avait 12 ans.
Le bureau des affaires non classées du FBI a été démantelé. Mulder, dont les travaux devenaient trop dérangeants, a été muté sur une banale affaire d'écoute téléphonique. Une mise au placard à peine voilée... Un soir, il est discrètement convoqué chez le sénateur Matheson, qui fut l'un de ses plus ardents défenseurs. L'homme politique prétend que l'observatoire d'Arecibo, à Porto-Rico, récemment fermé pour cause de restrictions budgétaires, aurait reçu des messages provenant de l'espace...