Deux agents du FBI sont chargés d'enquêter sur les dossiers non résolus, appelés "X-files" la plupart du temps des affaires où le paranormal entre en jeu. L'agent Fox Mulder, malgré le scepticisme de sa co-équipière Dana Scully, tente de prouver sa thèse du complot gouvernement/extra-terrestres... Fox Mulder n'aura de cesse de rechercher sa soeur disparue des années auparavant lorsqu'il avait 12 ans.
La mort brutale d'un garçon de 6 ans en forêt amène Mulder et Scully dans le village d'Eastwood au Connecticut. La police est à cran, le père de la victime étant un policier, et si Scully recherche un tueur humain, Mulder s'intéresse au passé de la ville et à la chasse aux sorcières qu'elle a connu.