Deux agents du FBI sont chargés d'enquêter sur les dossiers non résolus, appelés "X-files" la plupart du temps des affaires où le paranormal entre en jeu. L'agent Fox Mulder, malgré le scepticisme de sa co-équipière Dana Scully, tente de prouver sa thèse du complot gouvernement/extra-terrestres... Fox Mulder n'aura de cesse de rechercher sa soeur disparue des années auparavant lorsqu'il avait 12 ans.
Walter Skinner a disparu et le directeur Kersh, bien qu’appréciant peu les deux agents, ordonne à Mulder et Scully de le retrouver. Des indices chez leur supérieur les amène à Mud Lick, où vivent plusieurs anciens combattants du bataillon de Skinner pendant la guerre du Viet Nam, dont certains auraient été exposés à un gaz hallucinogène développé par l'armée américaine.