Deux agents du FBI sont chargés d'enquêter sur les dossiers non résolus, appelés "X-files" la plupart du temps des affaires où le paranormal entre en jeu. L'agent Fox Mulder, malgré le scepticisme de sa co-équipière Dana Scully, tente de prouver sa thèse du complot gouvernement/extra-terrestres... Fox Mulder n'aura de cesse de rechercher sa soeur disparue des années auparavant lorsqu'il avait 12 ans.
Deux jeunes femmes se sont retrouvées sur l'épave d'une péniche à la poursuite d'une légende urbaine, mais prises de visions horrifiques, elles ont manqué de s'entretuer. Scully est prise d'une vision étrange au réveil, semblable à celle des deux jeunes femmes, qui connaissent Jackson Van de Kamp, le nom d'adoption de William Mulder.