Deux agents du FBI sont chargés d'enquêter sur les dossiers non résolus, appelés "X-files" la plupart du temps des affaires où le paranormal entre en jeu. L'agent Fox Mulder, malgré le scepticisme de sa co-équipière Dana Scully, tente de prouver sa thèse du complot gouvernement/extra-terrestres... Fox Mulder n'aura de cesse de rechercher sa soeur disparue des années auparavant lorsqu'il avait 12 ans.
Mulder est contacté par un homme inconnu qui clame connaître la conspiration ultime : il serait possible de manipuler les souvenirs du peuple et le gouvernement aurait réussi à faire en sorte que l'informateur n'existe plus, lui et ses souvenirs. Scully pense que l’inconnu va trop loin dans les théories, Mulder croit à l'effet Mandela, mais l'inconnu a des preuves troublantes.