Deux agents du FBI sont chargés d'enquêter sur les dossiers non résolus, appelés "X-files" la plupart du temps des affaires où le paranormal entre en jeu. L'agent Fox Mulder, malgré le scepticisme de sa co-équipière Dana Scully, tente de prouver sa thèse du complot gouvernement/extra-terrestres... Fox Mulder n'aura de cesse de rechercher sa soeur disparue des années auparavant lorsqu'il avait 12 ans.
Mulder et Scully sont contactés par un double numérique de Richard Langly, mort physiquement depuis 2002. Rapidement, une force militaire armée arrive pour les arrêter et personne, pas même Skinner, ne semble avoir l'autorité de les retenir.