Deux agents du FBI sont chargés d'enquêter sur les dossiers non résolus, appelés "X-files" la plupart du temps des affaires où le paranormal entre en jeu. L'agent Fox Mulder, malgré le scepticisme de sa co-équipière Dana Scully, tente de prouver sa thèse du complot gouvernement/extra-terrestres... Fox Mulder n'aura de cesse de rechercher sa soeur disparue des années auparavant lorsqu'il avait 12 ans.
Après l'annulation du lancement d'une navette spatiale pour cause de défaillance technique, une employée de la NASA qui soupçonne une tentative de sabotage, demande à Mulder et Scully de s'occuper de l'affaire. Le superviseur des missions, ancien astronaute, est apparemment possédé par quelque chose rencontré au cours de sa dernière sortie en espace.