Deux agents du FBI sont chargés d'enquêter sur les dossiers non résolus, appelés "X-files" la plupart du temps des affaires où le paranormal entre en jeu. L'agent Fox Mulder, malgré le scepticisme de sa co-équipière Dana Scully, tente de prouver sa thèse du complot gouvernement/extra-terrestres... Fox Mulder n'aura de cesse de rechercher sa soeur disparue des années auparavant lorsqu'il avait 12 ans.
L'agent Fox Mulder du FBI découvre l'existence des dossiers non classés, qui, selon lui ne peuvent être résolus par une approche classique Le FBI, inquiet de ces potentielles découvertes, fait appel a l'agent Dana Scully pour « surveiller Mulder le martien ». Tout deux partent pour l'Oregon afin d'enquêter sur une mystérieuse série de disparitions.