Les aventures vécues au XXIIIe siècle, par James T. Kirk, capitaine du vaisseau Entreprise NCC-1701 et son équipage. Leur mission quinquennale est d'explorer la galaxie afin d'y découvrir d'autres formes de vie et d'enrichir ainsi les connaissances humaines.
À cause d'un accident de téléporteur près de la planète Alfa 177, deux Kirk se matérialisent successivement sur l'Enterprise : l'un est le côté positif/bon de Kirk, l'autre est son côté négatif/mauvais. L'équipage doit trouver un moyen de réunir les deux capitaines à nouveau.