Les aventures vécues au XXIIIe siècle, par James T. Kirk, capitaine du vaisseau Entreprise NCC-1701 et son équipage. Leur mission quinquennale est d'explorer la galaxie afin d'y découvrir d'autres formes de vie et d'enrichir ainsi les connaissances humaines.
L'Enterprise est chargé d'empêcher une invasion des Klingons en défendant la planète Organia. Supposée inhabitée, cette planète abrite une société peu évoluée techniquement. Kirk propose alors son aide aux Organiens pour se défendre contre les Klingons, mais ceux-ci refusent et se laissent envahir. Plus tard, il s'avère que les Organiens sont en réalités une espèce incorporelle très puissante et ils obligent les Klingons à signer un traité de paix avec la Fédération. Ils prédisent de plus que, dans le futur, les deux races deviendront amies, ce qui ne se démentira finalement pas (cf. Star Trek VI).