Sept ans après que le monde soit devenu une vaste étendue glacée, les survivants ont trouvé refuge dans un train en perpétuel mouvement. Composé de 1001 wagons, l'engin fait le tour du globe à toute vitesse. A bord, la guerre des classes, l’injustice sociale et la politique interne sèment le trouble.
Un autre meurtre accélère la traque du suspect, et Layton remonte le train avec Melanie pour mener des interrogatoires. Les sans-billets veulent contacter Layton.